David B – bio

English

David Bradley, PhD

Postdoctoral fellow
Evolutionary systems biology

Biography

I was born in Middlesbrough, which is a large industrial town in the North East of England. At the age of 18, I moved down to Cambridge to study Natural Sciences at the University of Cambridge. After four years, I graduated with a bachelor’s degree (BA) in genetics and a master’s degree (MSci) in systems biology. I then stayed on at the University of Cambridge to begin a four-year doctoral training program (DTP) with a 1+3 (master’s + PhD) structure. I undertook lab rotations in my first year to earn my second master’s degree (MRes) in biological sciences.

In 2015, I joined the lab of Dr. Pedro Beltrao at EMBL-EBI to begin my PhD studies. The focus of my PhD was on the evolution of protein kinase specificity at the active site. I gained experience in structural bioinformatics, molecular evolution, and the analysis of short linear motifs (SLiMs). I defended my PhD thesis in 2018 and graduated in 2019 with a PhD. Midway through my PhD, I undertook an internship at EMBO (Heidelberg, Germany) for three months with the editors of the Molecular Systems Biology journal.

Research interests

I am interested in evolutionary approaches to systems biology, and especially in the context of signaling. In particular, I would like to understand how constraints upon natural selection have shaped the evolution of signaling networks. Most kinase-substrate networks, for example, feature non-functional interactions between kinase and substrate that were not selected for during evolution. My goal is to understand why such spurious interactions were not simply purged by selection as these networks evolved. To address this question, I will combine approaches from bioinformatics, population genetics, and systems biology.

Publications

Bruno L, Ramlall V, Studer RA, Sauer S, Bradley D, Dharmalingam G, Carroll T, Ghoneim M, Chopin M, Nutt SL, Elderkin S, Rueda DS, Fisher AG, Siggers T, Beltrao P, Merkenschlager M. Selective deployment of transcription factor paralogs with submaximal strength facilitates gene regulation in the immune system. Nature Immunology (2019)

Invergo BM, Petursson B, Bradley D, Giudice G, Petsalaki E, Beltrao P. Proteome-wide inference of protein kinase regulatory circuits. bioRxiv (2019)

Bradley D, Beltrao P. Evolution of protein kinase substrate recognition at the active site. PLoS biology Volume 17 (2019)

Bradley D, Vieitez C, Vinothini R, Cutillas PR, Beltrao P. Global analysis of specificity determinants in eukaryotic protein kinases. bioRxiv (2018)

Ochoa D, Bradley D, Beltrao P. Evolution, dynamics and dysregulation of kinase signalling. Current opinion in structural biology Volume 48 (2018) p.133-140

Français

David Bradley, PhD 

Postdoctorant
Biologie évolutive des systèmes

Biographie

Je suis né à Middlesbrough, une grande ville industrielle du nord-est de l’Angleterre. À l’âge de 18 ans, j’ai déménagé à Cambridge pour étudier les sciences naturelles à l’université. Après quatre ans, j’y ai obtenu un baccalauréat en génétique et une maîtrise en biologie des systèmes. Je suis ensuite resté à l’Université de Cambridge pour commencer un programme de formation doctorale d’une durée de quatre ans avec une structure 1 + 3 (maîtrise + doctorat). J’ai entrepris des stages en laboratoire au cours de ma première année, puis ce programme m’a mené à l’obtention d’une deuxième maîtrise en sciences biologiques.
En 2015, j’ai rejoint le laboratoire du Dr Pedro Beltrao à l’EMBL-EBI pour commencer mes études de doctorat. Ma thèse portait sur l’évolution de la spécificité de protéines kinase au site actif. J’ai acquis de l’expérience en bio-informatique structurale, en évolution moléculaire et en analyse de motifs linéaires courts (SLiMs). J’ai soutenu ma thèse de doctorat en 2018 et ai obtenu mon diplôme en 2019. À la mi-parcours de mon doctorat, j’ai effectué un stage de trois mois à EMBO (Heidelberg, Allemagne) auprès des rédacteurs en chef de la revue Molecular Systems Biology.

Intérêts de recherche

Je m’intéresse à la biologie des systèmes d’un point de vue évolutif, particulièrement dans un contexte de signalisation. J’aimerais comprendre comment les contraintes de sélection naturelle ont façonné l’évolution des réseaux de signalisation. Par exemple, la plupart des réseaux kinase-substrat possèdent des interactions non fonctionnelles entre la kinase et le substrat. Mon objectif est de comprendre pourquoi ces interactions aberrantes n’ont pas été éliminées au cours de l’évolution de ces réseaux. Pour aborder cette question, je combinerai des approches de bio-informatiques, de génétique des populations et de biologie des systèmes.

Publications

Bruno L, Ramlall V, Studer RA, Sauer S, Bradley D, Dharmalingam G, Carroll T, Ghoneim M, Chopin M, Nutt SL, Elderkin S, Rueda DS, Fisher AG, Siggers T, Beltrao P, Merkenschlager M. Selective deployment of transcription factor paralogs with submaximal strength facilitates gene regulation in the immune system. Nature Immunology (2019)

Invergo BM, Petursson B, Bradley D, Giudice G, Petsalaki E, Beltrao P. Proteome-wide inference of protein kinase regulatory circuits. bioRxiv (2019)

Bradley D, Beltrao P. Evolution of protein kinase substrate recognition at the active site. PLoS biology Volume 17 (2019) p.e3000341 10.1371/journal.pbio.3000341 (2019)

Bradley D, Vieitez C, Vinothini R, Cutillas PR, Beltrao P. Global analysis of specificity determinants in eukaryotic protein kinases. bioRxiv (2018)

Ochoa D, Bradley D, Beltrao P. Evolution, dynamics and dysregulation of kinase signalling. Current opinion in structural biology Volume 48 (2018) p.133-140