Rohan D – bio

English

Rohan Dandage, PhD 

Postdoctoral fellow
Evolutionary systems biology

Biography

Pursuing my interest in biology, I studied biotechnology for my Bachelor’s (2010, in Pune) and Master’s degree (2012, in New Delhi). Then, I delved into “proper” research during my Ph.D at the Institute of Genomics and Integrative Biology, New Delhi (2018). There, I worked on biophysical aspects of chemical chaperone-assisted protein folding and investigated molecular constraints of molecular evolution. Thereon, I started my postdoc in evolutionary systems biology with Christian’s team (in beautiful Québec City). Here, I am investigating evolution of protein-protein interactions through gene editing and yeast genetics. My areas of expertise are molecular biology, computational biology and chemical biology.

Research interests
 
Broadly, I am interested in understanding how complex adaptive systems work. During my postdoc, I mainly focus on protein-protein interactions, which constitute a central complex adaptive system within the cell. Among protein-protein interactions, phospho-protein networks are of utmost importance owing to their fundamental role in almost all the functionalities of a cell. In order to understand fidelity within the phospho-protein networks, I will carry out network perturbations using CRISPR-based gene editing and monitor contributions of correct and mis-interactions towards cellular fitness. Alongside, I am also looking for ways to characterize edgotypic variants of unknown significance (VUS), in a high throughput manner.

Publications

Dandage R, Després PC, Yachie N & CR Landry, beditor: A computational workflow for designing libraries of guide RNAs for CRISPR base editing. bioRxiv doi:https://doi.org/10.1101/426973 (2018)

Dandage R, Pandey R, Jayaraj GG, Rai M & Chakraborty K, Differential strengths of molecular determinants guide environment specific mutational fates. PLOS Genetics 14:e1007419 (2018)

Dandage R & Chakraborty K, dms2dfe : Comprehensive workflow for analysis of deep mutational scanning data. The Journal of Open Source Software 2:362-364 (2017)

Dandage R, Bandyopadhyay A, Jayaraj GG, Saxena K, Dalal V, Das A R & Chakraborty K, Classification of chemical chaperones based on their effect on protein folding landscapes. ACS Chemical Biology 10:813-820 (2015)

Français

Rohan Dandage, PhD 

Postdoctorant
Biologie évolutive des systèmes

Biographie

Mon intérêt pour la biologie m’a amené à étudier la biotechnologie au baccalauréat (2010 à Pune) et à la maîtrise (2012, à New Delhi). Je me suis ensuite plongé dans la recherche à proprement parler pendant mon doctorat à l’Institut de génomique et de biologie intégrative à New Delhi (2018). Là, j’ai travaillé sur les aspects biophysiques du repliement des protéines assisté par des molécules chaperonnes chimiques et j’ai étudié les contraintes moléculaires de l’évolution moléculaire. Actuellement, je suis en postdoctorat en biologie des systèmes évolutifs avec l’équipe de Christian (dans la belle ville de Québec). Ici, j’étudie l’évolution des interactions protéine-protéine en utilisant l’édition de gènes et la génétique des levures. Mes domaines d’expertise sont la biologie moléculaire, la biologie computationnelle et la biologie chimique.

Intérêts de recherche

Globalement, je m’intéresse à comprendre comment fonctionnent les systèmes adaptatifs complexes. Au cours de mon postdoctorat, je me concentre principalement sur les interactions protéine-protéine, qui constituent un système adaptatif complexe central dans la cellule. Parmi les interactions protéine-protéine, les réseaux phospho-protéiques sont de la plus haute importance en raison de leur rôle fondamental dans presque toutes les fonctionnalités d’une cellule. Afin de comprendre la fidélité des interactions au sein des réseaux phospho-protéiques, je vais effectuer des perturbations de réseau en utilisant l’édition de gènes avec CRISPR et surveiller les contributions des interactions correctes et erronées vers la forme physique cellulaire. Parallèlement, je cherche aussi des moyens de caractériser des variantes edgotypiques de signification inconnue (VUS), en utilisant des approches à haut débit.

Publications

Dandage R, Després PC, Yachie N & CR Landry, beditor: A computational workflow for designing libraries of guide RNAs for CRISPR base editing. bioRxiv doi:https://doi.org/10.1101/426973 (2018)

Dandage R, Pandey R, Jayaraj GG, Rai M & Chakraborty K, Differential strengths of molecular determinants guide environment specific mutational fates. PLOS Genetics 14:e1007419 (2018)

Dandage R & Chakraborty K, dms2dfe : Comprehensive workflow for analysis of deep mutational scanning data. The Journal of Open Source Software 2:362-364 (2017)

Dandage R, Bandyopadhyay A, Jayaraj GG, Saxena K, Dalal V, Das A R & Chakraborty K, Classification of chemical chaperones based on their effect on protein folding landscapes. ACS Chemical Biology 10:813-820 (2015)