Caroline B – bio

English

Caroline Berger 

PhD student
Evolutionary systems biology

Biography

I am from Lyon, France. To acquire an international experience, I studied biology from 2010 to 2013 at Université Laval where I obtained a bachelor’s degree followed by a master’s degree at the École Normale Supérieure in Lyon. Thanks to my master internships, I have come to enjoy scientific research. In September 2015, I decided to come back in Canada to enrol in the PhD program in biology in the laboratory of Christian Landry. Outside the laboratory, I enjoy spending time reading and writing short stories.

Research interests

keywords: evolutionary system biology, genetic robustness, gene duplication, protein-protein interactions
During my master, I had the opportunity to do three internships related to the topic of genetic robustness. In the team of Jean-Jacques Diaz at the Centre Léon Bérard in Lyon, I was interested in understanding the dysregulation of ribosome biogenesis factors in patients suffering from acute myeloid leukemia. The purpose of my second internship in the laboratory of Francesca Palladino at the ENS de Lyon was to analyse the genetic instability of C. elegans worms with an epigenetic mutation. During my last master internship in the laboratory of Christian Landry, I participated in the study of compensation between duplicated genes at the level of protein-protein interactions. Since the beginning of my PhD, I have pursued my interest in the evolution of complex systems, wondering in particular about the molecular mechanisms that can induce their robustness, or their fragility. More specifically, I study the impact of whole-genome duplications, or single-gene duplications, on the architecture of protein complexes.

Publications

Diss G, Gagnon-Arsenault I, Dion-Coté AM, Vignaud H, Ascencio DI, Berger CM & Landry CR, Gene duplication can impart fragility, not robustness, in the yeast protein interaction network. Science 355:630-634 (2017)

Marcel V, Catez F, Berger CM, Perrial E, Plesa A, Thomas X, Mattei E, Hayette S, Saintigny P, Bouvet P, Diaz JJ & Dumontet C, Expression profiling of ribosome biogenesis factors reveals nucleolin as a novel potential marker to predict outcome in AML patients. PLoS One 12:e0170160 (2017)

Filteau M, Vignaud H, Rochette S, Diss G, Chrétien AE, Berger C & Landry CR, Multi-scale perturbations of protein interactomes reveal their mechanisms of regulation, robustness and insights into genotype-phenotype maps. Briefings in Functional Genomics 15:130–137 (2015)

Berger CM, Gaume X & Bouvet P, The roles of nucleolin subcellular localization in cancer. Biochimie 113:78-85 (2015)

Français

Caroline Berger 

Etudiante au Doctorat
Biologie évolutive des systèmes

Biographie

Je suis originaire de Lyon en France. Voulant acquérir une expérience internationale, j’ai fait de 2010 à 2013 un baccalauréat en biologie à l’Université Laval suivi par un master en recherche à l’École Normale Supérieure de Lyon. Suite à mes stages de master, j’ai pris goût pour la recherche et j’ai donc décidé en septembre 2015 de revenir au Canada pour entreprendre un doctorat en biologie au sein du laboratoire de Christian Landry. En dehors du laboratoire, j’aime consacrer mon temps libre à la lecture et à l’écriture de nouvelles.

Intérêts de recherche

Mots-clés : évolution des systèmes, robustesse génétique, duplications de gènes, interactions protéine-protéine

Au cours de mon master, j’ai eu l’opportunité de faire trois stages autour de la thématique de la robustesse génétique. Au sein de l’équipe de Jean-Jacques Diaz au Centre Léon Bérard de Lyon, je me suis intéressée à la dérégulation de facteurs liés à la biogenèse des ribosomes chez des patients atteints de leucémie aiguë myéloblastique. Le sujet de mon second stage dans le laboratoire de Francesca Palladino à l’ENS de Lyon fut l’étude de l’instabilité génétique chez des vers de C.elegans avec une mutation épigénétique. Au cours de mon dernier stage de master dans le laboratoire de Christian Landry, j’ai participé à l’étude des bases moléculaires de la compensation entre gènes dupliqués à l’échelle des interactions protéine-protéine. Depuis le début de mon doctorat, je continue à m’intéresser à l’évolution des systèmes complexes, en m’interrogeant en particulier sur les mécanismes moléculaires induisant leur robustesse, ou au contraire leur fragilité. Plus spécifiquement, j’étudie l’impact de duplications de génomes, ou de duplications individuelles de gènes, sur l’architecture des complexes protéiques.

Publications

Diss G, Gagnon-Arsenault I, Dion-Coté AM, Vignaud H, Ascencio DI, Berger CM & Landry CR, Gene duplication can impart fragility, not robustness, in the yeast protein interaction network. Science 355:630-634 (2017)

Marcel V, Catez F, Berger CM, Perrial E, Plesa A, Thomas X, Mattei E, Hayette S, Saintigny P, Bouvet P, Diaz JJ & Dumontet C, Expression profiling of ribosome biogenesis factors reveals nucleolin as a novel potential marker to predict outcome in AML patients. PLoS One 12:e0170160 (2017)

Filteau M, Vignaud H, Rochette S, Diss G, Chrétien AE, Berger C & Landry CR, Multi-scale perturbations of protein interactomes reveal their mechanisms of regulation, robustness and insights into genotype-phenotype maps. Briefings in Functional Genomics 15:130–137 (2015)

Berger CM, Gaume X & Bouvet P, The roles of nucleolin subcellular localization in cancer. Biochimie 113:78-85 (2015)