Chris E – bio

English

Chris Eberlein 

PhD student
Evolutionary ecological genomics

Biography

My academic journey started in biology at the University of Bochum in 2007. My bachelor’s thesis research was done at the Alfred Wegener Institute for Polar and Marine Research (Germany). I investigated deep-sea shrimp-like Antarctic Crustaceans that despite their phenotypic similarity, harbor extensive genetic variation at species level.
My fascination of Antarctic research brought me to arctic research during my master’s degree. In collaboration with the University of Oslo (Norway), I worked on a plant-parasitic fungus with arctic-alpine distribution. Our research focused on the long outstanding discussion as to whether plants and animals (mainly insects) have persisted in refuges during the last ice age (100,000 – 10,000 years ago).
During two years of graduate studies in Finland (University of Helsinki), I performed population genomics of isolated Nordic fish populations. The research question there was whether independently acquired phenotypes necessarily have the same genetic background or can possibly have been acquired from different genetic paths.
Since 2014 I am enrolled in a PhD program at the Université Laval (Québec) and perform genomics, transcriptomics and experimental biology using naturally occurring yeast species. The aim of my study is to contribute to the genomic basis of ecological specialization and population differentiation during early speciation.

Research interests

Ecological speciation has contributed significantly to contemporary species diversity. Identifying the genes and molecular mechanisms responsible for local adaptation and ecological specialization to different habitats during this process represents a core interest in evolution and remains challenging because it requires that we study speciation events in their early steps.
With my thesis “The genomic bases of local adaptation and ecological specialization during early speciation in North American Saccharomyces paradoxus”, my aim is to contribute to a better understanding of molecular mechanisms involved in population divergence that can ultimately cause speciation. In the laboratory of Prof. Christian Landry, we make use of the yeast system Saccharomyces paradoxus, which represents a species complex in North American deciduous forests and that is characterized as an early speciation event with five genetically diverged yeast lineages. Here, my strategy is to use a combination of high-throughput phenotyping equipment, cutting-edge genome editing tools and next-generation sequencing technology to dissect the basis of population divergence, local adaptation and ecological specialization in nature.

Publications

Hénault* M, Eberlein* C, Charron G, Durand E, Nielly-Thibault L, Martin H & Landry CR, Yeast population genomics goes wild: the case of Saccharomyces paradoxus. In: Polz M, Rajora OP (eds) Population genomics: microorganisms. Springer, Cham (2017)

Eberlein C, Nielly-Thibault L, Maaroufi H, Dubé AK, Leducq JB, Charron G & Landry CR, The rapid evolution of an ohnolog contributes to the ecological specialization of incipient yeast species. Molecular Biology and Evolution 34:2173-2186 (2017)

Bueker B, Eberlein C, Gladieux P, Schaefer A, Snirc A, Bennett DJ, Begerow D, Hood ME & Giraud T, Distribution and population structure of the anther smut Microbotryum silenes-acaulis parasitizing an arctic–alpine plant. Molecular Ecology 25:811–824 (2016)

Leducq JB, Nielly-Thibault L, Charron G, Eberlein C, Verta JP, Samani P, Sylvester K, Hittinger CT, Bell G & Landry CR, Speciation driven by hybridization and chromosomal plasticity in a wild yeast. Nature Microbiology 1:15003 (2016)

Eberlein C, Leducq JB & Landry CR, The genomics of wild yeast populations sheds new light on the domestication of Man’s best (micro) friend. Molecular Ecology 24:5309-5311 (2015)

Français

Chris Eberlein 

Etudiant au doctorat
Génomique et écologie évolutive

Biographie

Mon parcours académique a commencé en biologie à l’Université de Bochum en 2007. J’ai préparé ma thèse de baccalauréat à l’Institut Alfred Wegener en Recherche Polaire et Marine (Allemagne). J’y ai étudié des crustacés d’eau profonde provenant d’Antarctique qui possédaient une grande variété génétique au niveau de l’espèce, malgré leur similarité phénotypique. Ma fascination pour la recherche antarctique m’a amené à la recherche arctique durant ma maîtrise. En collaboration avec l’Université d’Oslo, j’ai travaillé sur un champignon parasite des plantes avec une distribution arctique-alpine. Notre recherche était centrée sur la question de si les plantes et animaux de la région avaient survécu dans des refuges durant la dernière ère glaciaire (il y a 100 000-10 000 ans). Durant deux années d’études graduées en Finlande (Université d’Helsinki), j’ai étudié la génomique des populations sur des populations isolées de poissons nordiques. La question ici était de savoir si des phénotypes acquis indépendamment ont nécessairement la même origine génétique ou ont pu être acquis à travers des parcours génétiques différents.
Depuis 2014 je suis dans un programme doctoral à l’Université Laval (Québec) et je travaille sur la génomique, la transcriptomique et la biologie expérimentale en utilisant des espèces de levure retrouvées dans la nature. Le but de mon projet est de contribuer aux bases génomiques de la spécialisation écologique et de la différentiation des populations au début de la spéciation.

Intérêts de recherche

La spécialisation écologique a contribué de manière significative à la diversité des espèces contemporaines. Identifier les gènes et mécanismes moléculaires responsables de l’adaptation locale et de la spécialisation écologique à des habitats différents représente un intérêt majeur dans l’évolution et demeure difficile car il requiert l’étude de la spécialisation à son début. Avec ma thèse « Les bases génomiques de l’adaptation locale et de la spécialisation écologique au début de la spéciation chez Saccharomyces paradoxus en Amérique du Nord », mon but est de contribuer à la connaissance des mécanismes moléculaires impliqués dans la divergence des populations qui peut ultimement causer la spéciation. Dans le laboratoire du professeur Christian Landry, nous utilisons le système de la levure Saccharomyces paradoxus, qui représente un complexe d’espèces dans les forêts de feuillus de l’Amérique du Nord et qui est caractérisé comme un début de spéciation avec 5 lignées divergées génétiquement. Ma stratégie est d’utiliser une combinaison d’équipement de phénotypage à haut débit, des outils de pointe d’édition des génomes et de la technologie de séquençage de nouvelle génération pour disséquer les bases de la divergence des populations, de l’adaptation locale et de la spécialisation en nature.

Publications

Hénault* M, Eberlein* C, Charron G, Durand E, Nielly-Thibault L, Martin H & Landry CR, Yeast population genomics goes wild: the case of Saccharomyces paradoxus. In: Polz M, Rajora OP (eds) Population genomics: microorganisms. Springer, Cham (2017)

Eberlein C, Nielly-Thibault L, Maaroufi H, Dubé AK, Leducq JB, Charron G & Landry CR, The rapid evolution of an ohnolog contributes to the ecological specialization of incipient yeast species. Molecular Biology and Evolution 34:2173-2186 (2017)

Bueker B, Eberlein C, Gladieux P, Schaefer A, Snirc A, Bennett DJ, Begerow D, Hood ME & Giraud T, Distribution and population structure of the anther smut Microbotryum silenes-acaulis parasitizing an arctic–alpine plant. Molecular Ecology 25:811–824 (2016)

Leducq JB, Nielly-Thibault L, Charron G, Eberlein C, Verta JP, Samani P, Sylvester K, Hittinger CT, Bell G & Landry CR, Speciation driven by hybridization and chromosomal plasticity in a wild yeast. Nature Microbiology 1:15003 (2016)

Eberlein C, Leducq JB & Landry CR, The genomics of wild yeast populations sheds new light on the domestication of Man’s best (micro) friend. Molecular Ecology 24:5309-5311 (2015)