Souhir M – bio

English

Souhir Marsit, PhD 

Postdoctoral fellow
Yeast ecological genomics

Biography

I was awarded an engineering degree in biotechnology from the Institut National des Sciences Appliquées et de Technologie of Tunisia in 2010. Being passionate about molecular bases of evolution and adaptation I moved to Paris for a master’s degree in Genomics at University of Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines. During my master’s degree, I contributed to several research projects on microbial genome dynamics in prokaryotes (bacteria and extremophilic archaea) under the supervision of Dr Jacques Oberto and also in pathogenic fungi under the supervision of Pr Cécile Fairhead in Paris XI University.
I moved then to Montpellier where I received my PhD degree in december 2014 in the field of microbiology and biotechnology in INRA-SupAgro Montpellier. The main part of my PhD work supervised by Dr Sylvie Dequin and Dr Virginie Galeote was the study of the adaptive advantage of horizontal gene transfer in wine yeasts. I also have been a postdoctoral fellow for a little more than a year in the context of a collaborative project coordinated by Dr Gianni Liti (IRCAN, Institute for Research on Cancer and Aging, Nice) at both the Laboratory of Dynamics of Genetic Information: fundamental Bases and Cancer at the Institut Curie in Paris and the laboratory of Sciences for Enology at Montpellier under the supervision of Dr Sylvie Dequin and Dr Alain Nicolas. During this short post-doctoral fellowship, I worked on the role of homologous recombination through meiotic reversion within yeast interspecific hybrids.
I am currently a post-doctoral fellow in microbiology and yeast evolutionary genomics in the Landry Laboratory, working on interspecific hybrid genome evolution.

Research interests

Since my early years of studies I have been interested in understanding the origins of life and the molecular bases of evolution and adaptation.
After several years of engineering studies in applied biology I turned to more fundamental questions. During my master’s degree, I performed a functional study of a universal and essential protein of unknown function using bacteria and extremophilic archaea. I also contributed to projects on microbial genome dynamics in prokaryotes and also in pathogenic fungi.
During my PhD, my research combined different experimental approaches of molecular biology, biochemistry and comparative genomics to address questions on the molecular bases of adaptation in domesticated yeasts, particularly the role of horizontal gene transfers in the adaptation of wine yeasts. Currently I am investigating the molecular processes underlying genomic instability within yeast interspecific hybrids.

Publications

Legras JL, Galeote V, Bigey F, Camarasa C, Marsit S, Nidelet T, Sanchez I, Couloux A, Guy J, Franco-Duarte R, Marina MH, Gabaldon T, Schuller D, Sampaio JP & Dequin S, Adaptation of S. cerevisiae to fermented food environments reveals remarkable genome plasticity and the footprints of domestication. Molecular Biology and Evolution doi:10.1093/molbev/msy066 (2018)

Marsit S*, Dion-Côté AM* & Barbash DA, Did mitochondria kill the frog? Developmental Cell 44:539–541 (2018)

Marsit S, Leducq JB, Durand E, Marchant A, Filteau M & Landry CR, Evolutionary biology through the lens of budding yeast comparative genomics. Nature Reviews Genetics 18:581-598 (2017)

Dupont J, Dequin S, Giraud T, Le Tacon F, Marsit S, Ropars J, Richard F & Selosse MA, Fungi as a source of food. Microbiology Spectrum 5:FUNK-0030-2016 (2017)

Coi AL, Bigey F, Mallet S, Marsit S, Zara G, Gladieux P, Galeote V, Budroni M, Dequin S & Legras JL, Genomic signatures of adaptation to wine biological ageing conditions in biofilm-forming flor
yeasts.
Molecular Ecology 26:2150-2166 (2017)

Marsit S, Galeote V, Sanchez I & Dequin S, Horizontally acquired oligopeptide transporters favor adaptation of Saccharomyces cerevisiae wine yeast to enological environment. Environmental Microbiology 4:1148-1161 (2016)

Marsit S & Dequin S, Diversity and adaptive evolution of Saccharomyces wine yeast: a review. FEMS Yeast Research 15:fov067 (2015)

Marsit S, Mena A, Bigey F, Sauvage FX, Couloux A, Guy J, Legras JL, Barrio E, Dequin S & Galeote V, Evolutionary advantage conferred by an eukaryote-to-eukaryote gene transfer event in wine yeasts. Molecular Biology and Evolution 32:1695-707 (2015)

Despalins A, Marsit S & Oberto J, Absynte: a web tool to analyze the evolution of orthologous archaeal and bacterial gene clusters. Bioinformatics 27:2905-2906 (2011)

Français

Souhir Marsit, PhD 

Postdoctorante
Génomique écologique de la levure

Biographie

J’ai obtenu mon diplôme d’ingénieur en biotechnologie de l’Institut National des Sciences Appliquées et de Technologie en Tunisie en 2010. Étant passionnée par les bases moléculaires de l’évolution et de l’adaptation, j’ai commencé par réaliser un Master de recherche en Génomique à l’Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines. Au cours de mon année de master, j’ai pu contribuer à différents projets de recherche sur la dynamique des génomes procaryotes (bactéries et archées extrêmophiles) supervisé par Dr Jacques Oberto ainsi que chez des levures pathogènes supervisé par Pr Cécile Fairhead à l’Université Paris XI. J’ai ensuite obtenu mon doctorat en décembre 2014 en microbiologie et biotechnologie à l’INRA-SupAgro de Montpellier. Mon travail de doctorat, supervisé par Dr Sylvie Dequin et Dr Virginie Galeote, portait principalement sur le rôle adaptatif des transferts horizontaux de gènes chez les levures œnologiques. J’ai réalisé par la suite un premier post-doctorat d’un peu plus d’une année (2015-2016) dans le cadre d’un projet collaboratif coordonné par Dr Gianni Liti (IRCAN, Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement, Nice) entre le Laboratoire Dynamique de l’Information Génétique: Bases fondamentales et Cancer à l’Institut Curie à Paris et le laboratoire Sciences pour l’Oenologie à Montpellier sous la direction de Dr Sylvie Dequin et Dr Alain Nicolas. Au cours de ce court post-doctorat, je me suis intéressée au rôle de la recombinaison homologue dans la diversité génétique à travers la réversion méiotique chez les hybrides interspécifiques de levure. Je suis actuellement post-doctorante en microbiologie et en génomique évolutive de la levure au Laboratoire Landry où je m’intéresse à l’évolution du génome des hybrides interspécifiques.

Intérêts de recherche

Dès mes premières années d’études en biologie je me suis intéressée à la compréhension des origines de la vie et des bases moléculaires de l’évolution et de l’adaptation. Après plusieurs années d’études d’ingénieur en biologie appliquée, je me suis intéressée à des questions plus fondamentales. Durant mon master en génomique, j’ai réalisé l’étude fonctionnelle d’une protéine essentielle et universelle de fonction inconnue chez des micro-organismes procaryotes (bactéries et archées extrêmophiles) en utilisant différentes approches de biologie moléculaire. J’ai également contribué à différents projets sur la dynamique des génomes procaryotes ainsi que chez des levures pathogènes. Au cours de mon doctorat, mes recherches ont combiné différentes approches expérimentales de biologie moléculaire, biochimie et génomique comparative afin de déterminer le rôle des transferts horizontaux de gènes dans l’adaptation des levures œnologiques à leur environnement. Actuellement, je m’intéresse aux processus moléculaires sous-jacents à l’instabilité génomique chez les hybrides interspécifiques de levure.

Publications

Legras JL, Galeote V, Bigey F, Camarasa C, Marsit S, Nidelet T, Sanchez I, Couloux A, Guy J, Franco-Duarte R, Marina MH, Gabaldon T, Schuller D, Sampaio JP & Dequin S, Adaptation of S. cerevisiae to fermented food environments reveals remarkable genome plasticity and the footprints of domestication. Molecular Biology and Evolution doi:10.1093/molbev/msy066 (2018)

Marsit S*, Dion-Côté AM* & Barbash DA, Did mitochondria kill the frog? Developmental Cell 44:539–541 (2018)

Marsit S, Leducq JB, Durand E, Marchant A, Filteau M & Landry CR, Evolutionary biology through the lens of budding yeast comparative genomics. Nature Reviews Genetics 18:581-598 (2017)

Dupont J, Dequin S, Giraud T, Le Tacon F, Marsit S, Ropars J, Richard F & Selosse MA, Fungi as a source of food. Microbiology Spectrum 5:FUNK-0030-2016 (2017)

Coi AL, Bigey F, Mallet S, Marsit S, Zara G, Gladieux P, Galeote V, Budroni M, Dequin S & Legras JL, Genomic signatures of adaptation to wine biological ageing conditions in biofilm-forming flor
yeasts.
Molecular Ecology 26:2150-2166 (2017)

Marsit S, Galeote V, Sanchez I & Dequin S, Horizontally acquired oligopeptide transporters favor adaptation of Saccharomyces cerevisiae wine yeast to enological environment. Environmental Microbiology 4:1148-1161 (2016)

Marsit S & Dequin S, Diversity and adaptive evolution of Saccharomyces wine yeast: a review. FEMS Yeast Research 15:fov067 (2015)

Marsit S, Mena A, Bigey F, Sauvage FX, Couloux A, Guy J, Legras JL, Barrio E, Dequin S & Galeote V, Evolutionary advantage conferred by an eukaryote-to-eukaryote gene transfer event in wine yeasts. Molecular Biology and Evolution 32:1695-707 (2015)

Despalins A, Marsit S & Oberto J, Absynte: a web tool to analyze the evolution of orthologous archaeal and bacterial gene clusters. Bioinformatics 27:2905-2906 (2011)