Alexandre D – bio

English

Alexandre Dubé, MSc 

Research professional
Lab manager

Biography

I started a bachelor’s degree in Biochemistry in 2006 at Université Laval. During the first year of my degree, I realized that it was important to start early in research. I searched for an internship and found one in Dr Yves Bourbonnais’ laboratory. The goal of my internship was to study the effect of mutations on the antimicrobial activity of a peptide. In the following semesters, Dr Bourbonnais introduced me to the beautiful world of Saccharomyces cerevisiae when he switched me to the project of a PhD student in his lab: Isabelle Gagnon-Arsenault. I learned to use this model organism when studying the activation and maturation of an endopeptidase (Yps1) involved in the response to stress and cell wall regulation.

Having enjoyed my time in research, I decided to start a master’s degree in Biochemistry in 2009 also in Dr Bourbonnais’ laboratory. During these two years, I studied the function of the N-entrance loop of Yps1p that showed me the importance of post-translational modifications in the regulation of cellular processes. At the same time, I also tried to identify genes implicated in the membrane anchoring of a specific class of protein: the glycosylphosphatidylinositol-anchored (GPI) protein. This part of my project gave me an overview of high-throughput research, since I looked at GPI protein secretion in more than 5000 yeast mutants. I had the opportunity to show my results in Vancouver at an international yeast meeting. My master’s degree also gave me the opportunity to meet Christian, since he was on my committee.

In 2011, I finished my master’s degree and decided to start working. It is at that point that Christian hired me as a research assistant. In his lab, I have learned about evolution and speciation and I have deepened my knowledge of protein functionality. After 4 years, I went back to Dr Bourbonnais’ laboratory for 1 year during which I deepened my knowledge on the regulation of the metabolism of yeast and on lipids’ central role in biological systems. I am back in Christian’s laboratory and I now work to develop new techniques with the genome edition system CRISPR/Cas.

Research interests

I am particularly interested in understanding how a mutation in protein sequence can affect its stability and function. I use methods such as protein fragment complementation assays (PCA), CRISPR/Cas and experimental evolution to better understand these effects. Lately, I have been interested in understanding the effect that the environment can have on membrane composition and how a cell responds to an imbalance in lipid composition.

Publications

Chrétien AE, Gagnon-Arsenault I, Dubé AK, Barbeau X, Després PC, Lamothe C, Dion-Côté AM, Lagüe P & Landry CR, Extended linkers improve the detection of protein-protein interactions (PPIs) by dihydrofolate reductase protein-fragment complementation assay (DHFR PCA) in living cells. Molecular & Cellular Proteomics 17:373-383 (2018)

Eberlein C, Nielly-Thibault L, Maaroufi H, Dubé AK, Leducq JB, Charron G & Landry CR, The rapid evolution of an onholog contributes to the ecological specialization of incipient yeast species. Molecular Biology and Evolution 34:2173-2186 (2017)

Filteau M, Hamel V, Pouliot MC, Gagnon-Arsenault I, Dubé AK & Landry CR, Evolutionary rescue by compensatory mutations is constrained by genomic and environmental backgrounds. Molecular Systems Biology 11:832 (2015)

Rochette S, Diss G, Filteau M, Leducq JB, Dubé AK & Landry CR, Genome-wide protein-protein interaction screening by protein-fragment complementation assay (PCA) in living cells. Journal of Visual Experiment e52255 (2015)

Dubé AK, Bélanger M, Gagnon-Arsenault I & Bourbonnais Y, N-terminal entrance loop of yeast Yps1 and O-glycosylation of substrates are determinant factors controlling the shedding activity of this GPI-anchored endopeptidase. BMC Microbiology 15:50 (2015)

Filteau M, Diss G, Torres-Quiroz F, Dubé AK, Schraffl A, Bachmann VA, Gagnon-Arsenault I, Chrétien AÈ, Steunou AL, Dionne U, Côté J, Bisson N, Stefan E & Landry CR, Systematic identification of signal integration by protein kinase A. Proceedings of the National Academy of Sciences 112:4501-4506 (2015)

Leducq JB, Charron G, Samani P, Dubé AK, Sylvester K, James B, Almeida P, Sampaio JP, Hittinger CT, Bell G & Landry CR, Local climatic adaptation in a widespread microorganism. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences 281:20132472 (2014)

Charron G, Leducq JB, Bertin C, Dubé AK & Landry CR, Exploring the northern limit of the distribution of Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces paradoxus in North America. FEMS Yeast Research 14:281-288 (2014)

Diss G, Dubé AK, Boutin J, Gagnon-Arsenault & Landry CR, A systematic approach for the gentic dissection of protein complexes in living cells. Cell Reports 3:2155-2167 (2013)

Freschi L, Torres-Quiroz F, Dubé AK & Landry CR, qPCA: a scalable assay to measure the perturbation of protein-protein interactions in living cells. Molecular BioSystems 9:36-43 (2013)

Gagnon-Arsenault I, Marois Blanchet FC, Rochette S, Diss G, Dubé AK & Landry CR, Transcriptionnal divergence plays a role un the rewiring of protein interaction networks after gene duplication. Journal of Proteomics 81:112-125 (2013)

Leducq JB, Charron G, Diss G, Gagnon-Arsenault I, Dubé AK & Landry CR, Evidence for the robustness of protein complexes to inter-species hydridization. Plos Genetics 8:e1003161 (2012)

Français

Alexandre Dubé, MSc 

Professionnel de recherche
Responsable de laboratoire

Biographie

Mon parcours universitaire débuta en 2006 lors de mon admission au programme de baccalauréat en biochimie de l’Université Laval. Au cours de ma première année d’étude, j’ai pris conscience qu’il était important d’entrer le plus tôt possible dans le monde de la recherche. Je me suis donc mis à la recherche d’un stage et je l’ai déniché dans le laboratoire du Dr Yves Bourbonnais. L’objectif de mon stage était d’évaluer l’effet de diverses mutations sur les propriétés antimicrobiennes d’un peptide. Dans les sessions suivantes, le Dr Bourbonnais m’a fait découvrir le merveilleux monde de Saccharomyces cerevisiae en me jumelant à une étudiante au doctorat : Isabelle Gagnon-Arsenault. J’ai ainsi pu apprivoiser cet organisme modèle tout en étudiant les mécanismes d’activation et de maturation d’une endopeptidase (Yps1) impliquée dans la réponse au stress et la régulation de la paroi cellulaire. Ayant apprécié mon expérience dans le domaine de la recherche scientifique, je me suis enrôlé en 2009 au programme de Maîtrise en Biochimie toujours sous la supervision du Dr Bourbonnais.

Au cours de mes deux années de maitrise, j’ai étudié la fonction de la boucle d’activation d’Yps1, ce qui m’a permis de constater que les modifications post-traductionnelles sont importantes dans la régulation des différents processus cellulaires. En parallèle, j’ai tenté d’identifier les gènes régulant l’ancrage aux membranes d’une classe précise de protéines, les protéines à ancrage glycosylphosphatidylinositol (GPI). Cette partie de ma maîtrise m’a permis de m’initier aux études à grande échelle, car j’ai observé la sécrétion des protéines GPI dans plus de 5000 différents mutants de levure. J’ai eu la chance de présenter ces travaux à Vancouver dans le cadre d’un congrès international sur la levure. Ma maîtrise m’a également permis de connaître Christian puisqu’il agissait comme membre de mon comité d’encadrement.

En 2011, j’ai terminé ma maîtrise et j’ai décidé d’entrer sur le marché du travail. C’est à ce moment que Christian m’a engagé comme professionnel de recherche, ce qui m’a permis de découvrir le monde de l’évolution et de la spéciation, tout en continuant d’approfondir mes connaissances sur les fonctionnalités des protéines. Après 4 ans, je suis retourné dans le laboratoire du Dr Bourbonnais pour 1 an où j’ai approfondi mes connaissances sur la régulation du métabolisme et l’importance des lipides dans les systèmes biologiques. Je suis maintenant de retour dans le laboratoire de Christian à travailler au développement de nouvelles techniques en utilisant le système d’édition de génome CRISPR/Cas.

Intérêts de recherche

Je suis particulièrement intéressé par l’effet qu’une mutation dans la séquence d’une protéine peut avoir sur la stabilité et la fonction de celle-ci. Pour y arriver, j’utilise des techniques telles que la complémentation de fragment de protéine (PCA), CRISPR/Cas et l’évolution expérimentale. Plus récemment, je m’intéresse à l’effet que l’environnement peut avoir sur la composition lipidique de la membrane et les effets sur la cellule ayant un débalancement à ce niveau.

Publications

Chrétien AE, Gagnon-Arsenault I, Dubé AK, Barbeau X, Després PC, Lamothe C, Dion-Côté AM, Lagüe P & Landry CR, Extended linkers improve the detection of protein-protein interactions (PPIs) by dihydrofolate reductase protein-fragment complementation assay (DHFR PCA) in living cells. Molecular & Cellular Proteomics 17:373-383 (2018)

Eberlein C, Nielly-Thibault L, Maaroufi H, Dubé AK, Leducq JB, Charron G & Landry CR, The rapid evolution of an onholog contributes to the ecological specialization of incipient yeast species. Molecular Biology and Evolution 34:2173-2186 (2017)

Filteau M, Hamel V, Pouliot MC, Gagnon-Arsenault I, Dubé AK & Landry CR, Evolutionary rescue by compensatory mutations is constrained by genomic and environmental backgrounds. Molecular Systems Biology 11:832 (2015)

Rochette S, Diss G, Filteau M, Leducq JB, Dubé AK & Landry CR, Genome-wide protein-protein interaction screening by protein-fragment complementation assay (PCA) in living cells. Journal of Visual Experiment e52255 (2015)

Dubé AK, Bélanger M, Gagnon-Arsenault I & Bourbonnais Y, N-terminal entrance loop of yeast Yps1 and O-glycosylation of substrates are determinant factors controlling the shedding activity of this GPI-anchored endopeptidase. BMC Microbiology 15:50 (2015)

Filteau M, Diss G, Torres-Quiroz F, Dubé AK, Schraffl A, Bachmann VA, Gagnon-Arsenault I, Chrétien AÈ, Steunou AL, Dionne U, Côté J, Bisson N, Stefan E & Landry CR, Systematic identification of signal integration by protein kinase A. Proceedings of the National Academy of Sciences 112:4501-4506 (2015)

Leducq JB, Charron G, Samani P, Dubé AK, Sylvester K, James B, Almeida P, Sampaio JP, Hittinger CT, Bell G & Landry CR, Local climatic adaptation in a widespread microorganism. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences 281:20132472 (2014)

Charron G, Leducq JB, Bertin C, Dubé AK & Landry CR, Exploring the northern limit of the distribution of Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces paradoxus in North America. FEMS Yeast Research 14:281-288 (2014)

Diss G, Dubé AK, Boutin J, Gagnon-Arsenault & Landry CR, A systematic approach for the gentic dissection of protein complexes in living cells. Cell Reports 3:2155-2167 (2013)

Freschi L, Torres-Quiroz F, Dubé AK & Landry CR, qPCA: a scalable assay to measure the perturbation of protein-protein interactions in living cells. Molecular BioSystems 9:36-43 (2013)

Gagnon-Arsenault I, Marois Blanchet FC, Rochette S, Diss G, Dubé AK & Landry CR, Transcriptionnal divergence plays a role un the rewiring of protein interaction networks after gene duplication. Journal of Proteomics 81:112-125 (2013)

Leducq JB, Charron G, Diss G, Gagnon-Arsenault I, Dubé AK & Landry CR, Evidence for the robustness of protein complexes to inter-species hydridization. Plos Genetics 8:e1003161 (2012)